Ured ravnatelja
Odjel općih, pravnih i kadrovskih poslova
Odjel financijskih i komercijalnih poslova
Odjel tehničkih poslova
Odjel za razvoj, upravljanje iodržavanje infra i supra strukture
izrađuje prijedloge planskih dokumenata za razvoj lučkog sustava na unutarnjim vodama
vodi brigu o realizaciji planskih dokumenata, izgradnji, održavanju i modernizaciji lučkih građevina i uređaja
obavlja stručne poslove u vezi s davanjem koncesije za obavljanje lučkih djelatnosti
upravlja nekretninama na lučkom području u vlasništvu RH
upravlja slobodnom zonom koja je osnovana odlukom Vlade RH
određuje uvjete naplate i visinu lučkih pristojbi
osigurava trajno i nesmetano obavljanje lučkog prometa, usmjeravanjem, usklađivanjem i nadziranjem rada trgovačkih društava koja obavljaju lučke djelatnosti
osigurava pružanje usluga od općeg interesa ili za koje ne postoji gospodarski interes drugih gospodarskih subjekata